A shagya-arab egyike védett, őshonos lófajtáinknak. A 18. század végétől a hadsereg egyre gyorsabb és jobb lovakat igényelt. A lovaknak nemcsak gyorsnak és kitartónak, hanem elegánsnak is kellett lennie. A tenyésztést rendelkezésekkel szabályozták. II. József-Banapusztán megalapította a Bábolnai Császári és Királyi Ménest, ahova küllem és teljesítmény szerinti válogatás után kerülhettek be a lovak. Ferenc József császár által kiadott rendeletére "kiváló és nemes" állomány tenyésztése lett a feladat.

Báró Csekonics (Csekonits) József méneskapitány elsősorban mezőhegyesi kancákkal, néhány spanyol és egy arab ménnel olyan alapállományt hozott létre, ami megfelelt a kiemelkedő minőségű lóállomány előállítására. 1816-ban született határozat szerint a magas arab vérhányadú bábolnai kancákat csak arab mének fedezhetik, és létrejött a bábolnai arab. 1835-ben érkezett Szíriából Bábolnára a fajta névadója, Shagya Senior. Az 1878. és az 1900. évi párizsi világkiállításokon a shagya-arabok nagy sikert arattak.

A fajta virágkorát Pettkó-Szandtner Tibor ménesparancsnoksága alatt élte 1932 és 1942 között. Akkor vált a shagya-arab világhírű fogatfajtává. A a ménes súlyos károkat szenvedett. A háború után Bábolnát "szocialista mintagazdasággá" alakították. De a baromfitenyészet hozott annyi pénzt, hogy mellette a ménest is fenntarthatták. Két változatot tenyésztettek, az arab telivéreket és az arabfajtát, azaz a shagya-arabot.

Az 1967-ben megalakult WAHO, az Arab Lovat Tenyésztők Világszövetsége csak azt a lovat fogadta el arabnak, melynek minden őse Arábiából származik. Ekkor kezdődött a jóhírű bábolnai arab lovak eladása külföldre. A shagya arabot különálló fajtaként a WAHO 1978-ban ismerte el. A shagya arab fajtába tartozás feltétele, hogy a lónak legfeljebb a tizedik ősi sorában lehet csak nem arab ős, a telivér arab aránya pedig nem haladhatja meg a 9/16-od részt.